35년 넘게 적용되던 의료기관들의 세금 감면혜택이 전면 철회될 예정이다. 가뜩이나 경영난에 신음하는 병원들의 우려가 이만저만이 아니다.

안전행정부는 최근 의료기관에 대한 세금 감면혜택 정비를 주요 골자로 하는 지방세특례제한법 일부개정안 입법예고하고 유관단체들의 의견수렴에 들어갔다.

개정안에 따르면 의과대학 부속병원과 사회복지법인 소속 의료기관에 대한 지방세 감면혜택이 대폭 축소된다. 이들 병원의 세금 부담이 가중된다는 얘기다.

실제 사립대병원과 사회복지법인병원은 지방세 감면항목이 기존 6개(재산세, 지역자원시설세, 등록면허세, 취득세, 지방소득세 종업원분, 주민세 재산분)에서 3개(재산세, 등록면허세, 취득세)로 줄어든다.

국립대병원은 지방세 감면대상이 종전 4개(재산세, 취득세, 지방소득세 종업원분, 주민세 재산분)에서 3개(재산세, 등록면허세, 취득세)로 축소된다.

정부는 1977년 이후 3년 마다 일몰제 형식으로 대학부속병원과 사회복지법인병원의 지방세 감면혜택을 부여해 왔다.

하지만 이번 개정안에는 일몰기간 및 관련 내용이 완전히 삭제돼 일부 지방세에 대해 더 이상 감면혜택을 부여하지 않겠다는 의지를 분명히 했다.

이는 공공성이 큰 지방의료원 등에 비해 상대적으로 큰 폭의 감면혜택을 받고 있어 의료기관 간 형평성 문제가 끊임없이 제기돼 왔기 때문이라고 정부는 설명했다.

안전행정부 관계자는 “의료기관의 지방세 감면혜택은 형태도 다양하고 각기 별도의 감면조항을 적용받고 있어 형평성 차원에서 개정안을 추진하게 됐다”고 말했다.

이에 따라 안행부는 그 동안 다른 의료기관 대비 감면혜택이 컸던 대학부속병원과 사회복지병원에 대해서는 지방의료원 수준에서 감면을 정비하고, 그 외 의료법인 및 종교단체 병원 등은 현재 수준에서 감면을 연장키로 했다.

실제 대학부속병원과 사회복지병원 등에 대해 2013년 12월 31일까지로 적용됐던 지역자원시설세, 지방소득세, 주민세 등의 일몰제 기간을 전격 삭제했다.

다만 지방의료원 등은 재산세, 등록면허세, 취득세 등 3개 항목의 지방세 감면혜택을 2016년 3월까지 연장시켰다.

이에 따라 대학부속병원과 사회복지법인병원, 지방의료원 등의 지방세 감면혜택은 동일하게 적용될 가능성이 높아지게 됐다.

안행부는 오는 9월 4일까지 의견수렴 절차를 거쳐 내년부터 이 개정안을 시행할 예정이지만 병원계의 저항이 만만치 않다.

무려 30년 넘게 누려온 혜택이 한 순간에 사라질 위기에 처한 만큼 일선 병원들이 강하게 반발하고 있기 때문이다.

한 대학병원 관계자는 “모든 병원을 동일선상에서 생각하면 안된다”며 “설립 취지나 운영 형태에 대한 고려 없이 동일한 잣대를 드리우는 것은 비합리적”이라고 주장했다.

대한병원협회 역시 이번 개정안에 대해 우려의 목소리를 전했다. 병협 관계자는 “그렇지 않아도 최근 병원계 전체에 경영난이 가중되고 있는 상황에서 세제혜택까지 없어진다면 병원들의 고충이 더 커질 수 밖에 없다”고 토로했다.

한편, 한국지방세연구원에 따르면 2011년 말 기준 의료기관에 대한 지자체의 지방세 감면 규모는 542억6000만원으로 집계됐다.

박대진 기자 (djpark@dailymedi.com) 기자의 다른기사보기