병원계의 ‘공식적 비자금’으로 통하는 고유목적사업준비금 세제 혜택 종료를 앞두고 병원계가 대책 마련에 고심하는 모습이다.

일몰제 만료기간이 오는 12월 31일까지로, 3개월이라는 시간이 남아 있지만 기한 연장을 위해서는 법령 개정이 필요한 만큼 여유가 없다는 분석이다.

다만 3년 주기 일몰제로 운영돼 온 고유목적사업준비금 세제 혜택은 그동안 수 차례 연장을 거듭했던 만큼 이번에도 연장 가능성은 열려 있다.

고유목적사업준비금은 비영리법인이 향후 목적사업에 사용하기 위한 재원을 미리 손금으로 계상해 과세대상이 되는 수익사업 소득을 감소시켜 주는 제도다.

즉, 의료법인 등이 의료장비 구매, 시설 개‧보수 등 병원 운영을 위해 잉여금을 쌓아둘 수 있도록 하고, 그에 대해서는 법인세를 감면해 주는 일종의 혜택이다.

의료시설 확충과 연구투자 활성화, 의료서비스 질 향상, 지역별 의료불균형 개선, 양질의 일자리 유지 등 선순환 구조를 만들기 위해 도입됐다.

학교법인, 사회복지법인, 의료법인, 국립대병원, 지방의료원 등에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 특례는 지난 2022년 일몰기한이 연장됐고, 오는 12월 31일 만료를 앞두고 있다.

이에 대해 병원계는 조세특례제한법을 개정해 고유목적사업준비금 손금산입 특례를 오는 2028년 12월 31일까지 3년 연장해야 한다는 입장이다.

대한병원협회는 최근 기획재정부와 보건복지부 등 관계부처에 조세특례제한법 개정을 위한 건의서를 제출하며 본격적인 일몰연장 작업에 들어갔다.

아울러 현재 의료법인에만 엄격하게 적용하고 있는 특례범위를 다른 법인들과 동일하게 확대해 줄 것도 요청했다.

학교법인, 사회복지법인, 국립대병원 등은 수익사업소득의 100%를 고유목적사업준비금 손금산입이 가능하지만 의료법인은 50%로 제한하고 있다.

병원협회는 “고유목적사업준비금 손금산입 특례 규정을 2028년 12월 31일까지 3년 연장시킴과 동시에 의료법인에게만 엄격한 특례범위를 확대시켜야 한다”고 주장했다.

일단 보건복지부는 병원계의 의견을 수렴해 조세지출 평가서를 기재부에 제출, 고유목적사업준비금 특례 유지 필요성을 전달한 것으로 전해졌다.

이에 따라 병원계의 시선은 조세 주무부처인 기획재정부에 쏠리고 있다. 일단 기재부는 불요불급한 비과세 감면을 대폭 정비한다는 입장이다.

이형일 기획재정부 제1차관은 지난 7월 세제개편안 사전 브리핑에서 “목적을 달성한 비과세 감면을 정비해 5년간 약 4조6천억원 규모의 세수를 확보하겠다”고 밝혔다.

이어 “앞으로 일몰이 도래하는 조세지출에 대해서도 효과성, 형평성을 고려해 과감히 정비해 나가겠다”고 덧붙였다.

다만 기재부 세제개편안에는 2025년말 일몰 도래 조세 항목 중 고유목적사업준비금을 연장 항목 44개에 포함시켜 기대감을 키웠다.

한편, 국민의힘 이인선 의원은 최근 공익법인의 고유목적사업준비금 세제 특례를 5년 더 연장하는 내용의 조세특례제한법 개정안을 발의했다.

이 의원은 “올해 말 제도의 일몰이 예정됨에 따라 공익법인의 사업 수행이 어려워질 우려가 있는만큼 일몰기한을 2030년 12월 31일로 5년 더 연장해야 한다”고 발의 배경을 설명했다.