병원계가 수 백억원에 달했던 임상시험용역 부가가치세 폭탄을 피할 수 있게 됐다. 당장 한림대·을지대·가톨릭대 등 3개 학교법인에 적용됐던 부가세 130억원은 없던 일이 됐다.
기획재정부는 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(2014년 3월 17일) 이후 체결분부터 적용된다고 밝혔다.
당초 기재부는 임상시험용역 부가세 여부에 대한 국세청 질의에 대해 법리적 관점에서 해석, 과세대상에 해당된다는 유권해석을 내린 바 있다.
임상시험은 면세대상인 ‘환자 진료 및 치료용역’이라기 보다 ‘의약품 안전성 검사 등을 목적으로 제약사에게 공급하는 시험용역’이며, 여러 국가에서 과세하고 있다는 점을 이유로 들었다.
하지만 이번 국세예규심사위원회에서는 그 동안 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고해 왔고, 과세관청에서도 정기조사 등 사후검증 과정에서 한 번도 과세가 이뤄진 사례가 없는 점에 주목했다.
때문에 납세자 신뢰보호 차원에서 기재부의 유권해석이 내려진 2014년 3월 17일 이후 체결하는 임상시험용역부터 과세키로 결론을 내렸다.
기재부는 “앞으로 의료기관이 제약사에 공급하는 임상시험용역에 대해 부가가치세를 과세하는 경우에도 의료기관 및 제약사의 세부담이 증가하는 것은 아니다”라고 말했다.
이어 “과세시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 부가세를 납부하고, 제약사도 의료기관에 지급한 부가세를 매입세액으로 공제 받을 수 있다”고 덧붙였다.
한편 국세청은 지난 4월 한림대·을지대·가톨릭대 등 3개 학교법인이 수행한 임상시험 용역에 대해 지난 2008년부터 2012년까지 5년치 소급적용으로 부가세 130억원을 부과했다.
임상시험은 병원이 제약회사로부터 돈을 받고 진행하는 것인 만큼 면세대상인 '학술용역' 이나 '기술개발'에 속하지 않는다는 기재부의 유권해석에 기반한 조치였다.
이 처분이 내려진 직후 병원계는 “임상시험에 대해 부가가치세가 부과될 경우 현재의 활발한 임상연구 여건을 저해할 우려가 있다"고 강력히 반발했다.
특히 “부가세 부과 대신 오히려 임상시험에 대해 적극적으로 면세를 적용해 임상시험 여건을 개선해 주는 것이 필요하다”고 강조했다.
박대진 기자 (
