한미 FTA 체결로 국내 제약업계의 피해가 예상되는 가운데 내년부터 제약사들의 세제 혜택이 확대될 전망이다.

재정경제부는 22일 발표한 2007년도 세제개편안을 통해 "2008년부터 제약사들은 R&D 투자금액의 최대 6%의 세액을 공제키로 했다"고 밝혔다.

또한 제약기업들은 2010년까지 GMP 시설 개선투자에 대한 세액공제가 허용돼 투자금액의 7%를 공제받게 됐다.

세제개편안에 따르면 대기업들은 당해연도에 지출한 R&D 투자비를 기준으로 공제받을 수 있게 됐으며 공제율은 기본 3%에 자기노력 3% 이상으로 설정해 R&D 투자비율이 높은 기업일수록 더 큰 혜택을 받도록 했다.

지금까지는 당해연도 R&D 지출액에서 직전 4년 평균 R&D 지출액을 뺀 금액의 40%만 세액공제를 받을 수 있었다.

예를 들어 100억원을 R&D 분야에 투자한 제약사의 최근 4년 평균 R&D 지출액이 90억원이었다고 가정하면 이 제약사는 4억원의 세액공제를 받을 수 있었으며 만약 최근 4년 평균 R&D 지출액이 해당 연도의 R&D 지출액보다 높을 경우 세액 공제를 받을 수 없었다.

하지만 내년부터 이 제약사는 100억원의 6%인 6억원의 세액공제를 받을 수 있으며 전년도 R&D 금액과는 상관없이 투자금액이 높을수록 많은 금액의 세제 혜택을 받게 된다.

또한 제경부는 한미 FTA 타결과 함께 선진국 수준의 GMP 운영이 조기정착될 수 있도록 조세특례제한법에 ‘의약품 품질관리를 위한 시설투자 세액공제’항을 신설, 세액공제를 허용했다.

공제대상은 건축물을 포함하는 의약품 품질관리를 위한 시설 전부이며 공제율은 7%, 일몰기한은 2010년 12월 31일이다.

제약협회에 따르면 재경부의 이같은 세제혜택 확대는 한미 FTA 타결에 따른 대응방안으로 제약기업의 R&D 투자 및 GMP 시설 투자에 대한 세제지원을 강화해 달라는 제약협회의 요청을 전격 수용한 것이다.

제약협회 김정수 회장은 지난 6월 청와대를 방문, 노무현 대통령에게 “한미 FTA 타결에 따른 개방효과를 극대화하려면 제약기업의 R&D투자와 GMP 시설투자에 대한 세제 지원을 강화하는 등 특단의 제약산업 육성책을 마련해야 한다”고 요청한 바 있다.

또한 어준선 이사장과 문경태 부회장은 지난 7월 재경부를 방문해 제약기업에 대한 세액공제율 확대 및 GMP 시설투자에 대한 감면율 상향조정 등을 건의하기도 했다.

한편 재경부의 이번 세제개편안은 다음달 정기국회에 상정돼 2008년부터 시행에 들어간다.