전국 35개 지방의료원이 2023년부터 3년 연속 적자를 기록했다. 특히 2025년에는 35곳 가운데 30곳(85.7%)이 당기순손실을 냈고, 35곳의 당기순이익을 모두 합하면 1679억원 적자였다.

2일 국회 보건복지위원회 이달희 의원(국민의힘)에 따르면 지방의료원 평균 당기순이익은 2022년 22억원 흑자에서 2023년 85억원 적자로 돌아섰다. 이후 2024년 42.8억원, 2025년 46.4억원 적자를 이어갔다.

적자는 주로 진료 부문에서 발생했다. 2025년 기관당 평균 의료수익은 357억원이었지만 의료비용은 509억원으로 수익의 1.4배에 달했다.

기관당 의료손실은 2019년 37.8억원에서 2025년 152억원으로 4배 늘었다. 2020년 코로나19 발생 이후부터 2024년까지 매년 기관당 평균 108억원의 보조금이 지원됐지만 의료손실을 메우지는 못했다.

병상이용률이 올라도 적자는 줄지 않았다. 평균 병상이용률은 2024년 59.7%에서 2025년 64.1%로 4.4%p 상승했지만 같은 기간 기관당 적자는 42.8억원에서 46.4억원으로 늘었다.

2025년 기준 35곳 중 14곳은 병상이용률이 60%에 미치지 못했다.

지방의료원의 의료수익이 악화되면서 300병상 이하 의료원의 의료수익 대비 인건비율은 2024년 기준 90.4%에 달했다. 사실상 진료로 벌어들이는 수익 대부분이 인건비로 지출되는 셈이다.

의료진 확보에도 어려움을 겪고 있다. 2025년 12월 기준 35곳 중 14곳이 의사 정원을 채우지 못했으며 부족 인원은 153명이었다.

특히 성남시의료원은 의사 정원 99명 가운데 60명만 근무해 충원율이 60.6%에 머물렀다. 대구의료원은 67.2%, 서울의료원은 81.0%로 뒤를 이었다.

지방의료원은 코로나19 전담병원으로 운영되는 동안 일반진료를 줄이고 기존 환자를 다른 병원으로 전원하며 방역을 담당했지만, 이후에도 환자와 의료인력이 돌아오지 않아 경영난이 이어졌다.

정부는 2020년부터 2024년까지 코로나19 손실보상금 1조7180억원을 지급한 뒤 2024년 지급을 중단했다.

이후 경영혁신 지원 방식으로 운영비를 한시 지원하고 있으며 국고 기준 지원액은 2024년 510억원, 2025년 621억원, 2026년 791억원이지만 여전히 적자를 면치 못하고 있다.

이달희 의원은 “지방의료원은 민간병원이 기피하는 응급·분만·중환자 진료를 책임지고 있다”며 “병상이용률이 올라도 적자가 커지는 것은 경영 효율만으로 해결할 수 없는 문제”라고 지적했다.

이어 “의사 정원조차 채우지 못하고 산부인과 전문의 한 명에 의존하는 의료원이 절반을 넘는다”며 “한시적 운영비 지원에 기대는 방식으로는 지역 필수의료를 지켜낼 수 없다”고 덧붙였다.

특히 “정부는 지방의료원이 수행하는 공익적 기능에 따른 손실을 안정적으로 보전할 수 있는 체계를 조속히 마련하길 바란다”고 주문했다.